Sasaran umum Pembangunan Jangka Panjang adalah terciptanya kualitas manusia dan kualitas masyarakat Indonesia pada umumnya yang maju dan mandiri di dalam suasana tentram dan sejahtera lahir batin, dalam tata kehidupan masyarakat, bangsa dan negara yang berdasarkan Pancasila. Manusia dan masyarakat yang maju dan mandiri adalah manusia dan masyarakat yang berkualitas utuh, yaitu yang beriman, berbudi pekerti luhur, berkepribadian, mandiri, maju, produktif, sehat jasmani dan rohani, serta mempunyai tanggung jawab kesetiakawanan sosial dan disiplin tinggi.
Sejalan dengan hal tersebut, Undang-undang tentang Sistem Pendidikan Nasional menyatakan bahwa Pendidikan Nasional berfungsi untuk mengembangkan kemampuan serta meningkatkan mutu kehidupan dan martabat manusia Indonesia dalam rangka mewujudkan tujuan nasional. Setiap warga negara mempunyai hak yang sama untuk memperoleh pendidikan serta kesempatan seluas-luasnya untuk mengikuti pendidikan agar memperoleh pengetahuan, kemampuan dan keterampilan yang berkualitas.
Sebagai dasar pengembangan sistem manajemen pendidikan nasional melalui penyelenggaraan sekolah unggulan ini, telah ditegaskan dalam Undang Undang Sistem Pendidikan Nasional bahwa setiap peserta didik berhak mendapatkan perlakuan sesuai dengan bakat, minat dan kemampuannya dan berhak menyelesaikan program pendidikan lebih awal dari waktu yang ditentukan. Dinyatakan pula bahwa peserta didik berkesempatan untuk mengembangkan kemampuan dirinya dengan belajar pada setiap saat dalam perjalanan hidupnya sesuai dengan bakat minat dan kemampuannya masing-masing.
Kalau kita perhatikan secara mendalam, sistem manajemen pendidikan yang ditempuh selama ini masih bersifat masal, yang memberikan perlakuan dan layanan pendidikan yang sama kepada semua peserta didik. Padahal, mereka berbeda tingkat kecakapan, kecerdasan, minat, bakat dan kreatifitasnya. Sistem manajemen pendidikan seperti ini memang sahih dan sangat tepat dalam konteks pemerataan kesempatan, akan tetapi kurang menunjang usaha mengoptimalisasikan pengembangan potensi sumber daya manusia secara cepat dan tepat.
Tidak sedikit peserta didik yang memiliki kemampuan dan kecerdasan unggul merupakan kelompok kecil, namun secara kualitas akan memberikan kontribusi yang sangat berarti terhadap proses pencapaian tujuan pembangunan nasional. Berdasarkan skala intelegensi Wechter, Munandar (1992) menyatakan anak berbakat intelektual tergolong "sangat unggul" (IQ >130) berjumlah 2,2% dan tergolong "unggul" (IQ 120-129) berjumlah 6,7% dari populasinya.
Keuntungan lain dengan penyelenggaraan sekolah unggulan ini adalah untuk memacu pemerataan kualitas pendidikan nasional. Dari segi efektifitas penggunaan sumber daya, penyelenggaraan sekolah unggulan memiliki nilai strategis dalam memacu keterlibatan dunia swasta untuk turut berperan serta secara aktif dalam pembangunan pendidikan. Dengan adanya pengembangan ciri-ciri keunggulan tertentu yang sesuai dengan kekhasan potensi ekonomi, sosial dan budaya daerah setempat, penyelenggaraan sekolah unggulan memberikan kontribusi yang besar dalam pembangunan.
Dalam perspektif global, penyelenggaraan sekolah unggulan juga memberikan nilai positif karena tidak dapat dipungkiri bahwa tantangan global dan persaingan bebas antar bangsa dalam berbagai aspek kehidupan terasa semakin nyata. Sehingga dengan penyelenggarakan sekolah unggulan diharapkan lahir sumber daya manusia unggul yang bukan hanya dapat bersaing daIam lingkup nasional melainkan juga dalam lingkup global.
Sekolah Dasar merupakan salah satu lembaga pendidikan yang bertugas mempersiapkan SDM yang unggul sejak dini. Propinsi Kalimantan Timur khususnya Samarinda Sekolah Dasar yang mampu mencetak generasi unggul dan berkualitas masih belum memadai. Oleh karena itu Yayasan Bunga Bangsa berusaha memberikan kontribusi dalam menghasilkan manusia-manusia yang unggul melalui pendirian Sekolah Dasar Islam yang diberi nama SD Islam Bunga Bangsa.