SD Islam Bunga Bangsa menerapkan sistem sekolah unggulan. Unggul dalam segi fasilitas, gedung sekolah dengan menggunakan bangunan gedung milik Yayasan Bunga Bangsa yang representatif dan sangat memadai. Ketenagaan yang profesional serta sistem pembelajaran yang khusus merupakan fokus utama SD Islam Bunga Bangsa.

Harapannya dengan hadirnya SD Islam Bunga Bangsa sebagai salah satu alternatif Sekolah Dasar unggulan yang sudah ada dengan menerapkan konsep sekolah unggulan dengan sistem full days school. Sistem ini memungkinkan bimbingan dan pengawasan yang lebih terarah dan maksimal dalam lingkungan pendidikan satu hari penuh mampu menjawab tantangan akan kebutuhan generasi yang berkualitas di Kalimantan Timur.